| MirGeneDB ID | Ete-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3613 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-3613 Cfa-Mir-3613 Cja-Mir-3613 Cpo-Mir-3613 Dno-Mir-3613 Eca-Mir-3613 Hsa-Mir-3613 Laf-Mir-3613 Mdo-Mir-3613 Mml-Mir-3613 Mmr-Mir-3613 Neu-Mir-3613 Ocu-Mir-3613 Pab-Mir-3613 Sha-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980311: 7380992-7381049 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3613) |
Mir-15-P1a
JH980311: 7342911-7342969 [+]
UCSC
Mir-15-P2a JH980311: 7343050-7343114 [+] UCSC Mir-3613 JH980311: 7380992-7381049 [+] UCSC |
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| Seed | GUUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGACGCGCAAUAGCAGUUGGGUUUGGAUUGUUGUACUUUUUUUUUUGUUCGUUUAAUUUGGAGGAACAAAAAAAAAGCCCAACCCUUCACACCACUUCAUCUGCAUCUCUCGGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGACGCGCAAUAGCAGUUG--| U UU UA U GUUUAA GGU UGGA GUUG CUUUUUUUUU GUUC \ CCA ACUU CAAC GAAAAAAAAA CAAG U CCAGGCUCUCUACGUCUACUUCA^ C CC CC - GAGGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-3613_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUGUACUUUUUUUUUUGUUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-3613_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACAAAAAAAAAGCCCAACCCU -58
Get sequence
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