| MirGeneDB ID | Ete-Mir-1298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1298 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1298 Cfa-Mir-1298 Cja-Mir-1298 Cpo-Mir-1298 Eca-Mir-1298 Hsa-Mir-1298 Laf-Mir-1298 Mml-Mir-1298 Mmr-Mir-1298 Mmu-Mir-1298 Ocu-Mir-1298 Pab-Mir-1298 Rno-Mir-1298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980336: 11975080-11975153 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1298) |
Mir-1298
JH980336: 11975080-11975153 [+]
UCSC
Mir-448 JH980336: 12020066-12020146 [+] UCSC |
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| Seed | UCAUUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUGAGAGGAAAAUAUGAGGAGUUAAGAGUUCAUUCGGAUGUCCAGAUGUAUCCAAGUACCCCGUUAUUUGGCAAUAAAUACAUCUGGGCAACUGAUUGAACUUUUCGCUUUUCAUAACUCAACUGGAAUCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUGAGAGGAAAAUAU--| U U A UCCAAGUACCCCG GAGGAGU AAGAGUUCA UCGG UGUCCAGAUGUA U CUUUUCG UUUUCAAGU AGUC ACGGGUCUACAU U UCCUAAGGUCAACUCAAUA^ C U A AAAUAACGGUUUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-1298_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCAUUCGGAUGUCCAGAUGUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-1298_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- CAUCUGGGCAACUGAUUGAACU -74
Get sequence
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