| MirGeneDB ID | Laf-Mir-1298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1298 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1298 Cfa-Mir-1298 Cja-Mir-1298 Cpo-Mir-1298 Eca-Mir-1298 Ete-Mir-1298 Hsa-Mir-1298 Mml-Mir-1298 Mmr-Mir-1298 Mmu-Mir-1298 Ocu-Mir-1298 Pab-Mir-1298 Rno-Mir-1298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010059.1: 16485936-16486009 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCAUUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUGAAAGGAGGAGAUGAGGAAUUAAGAGUUCAUUCGGCUGUCCAGAUGUAUCCAAGUACCCCGUUAUUUGGCAAUAAAUACAUCUGGGCAACUGAUCGAACUUUUCACUUUUCAUGACUCAGCUGGAAUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUGAAAGGAGGAGAU--| AUU AU C UCCAAGUACCCCG GAGGA AAGAGUUC UCGG UGUCCAGAUGUA U CUUUU UUUUCAAG AGUC ACGGGUCUACAU U CUCUAAGGUCGACUCAGUA^ CAC CU A AAAUAACGGUUUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-1298_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCAUUCGGCUGUCCAGAUGUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-1298_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- CAUCUGGGCAACUGAUCGAACU -74
Get sequence
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