| MirGeneDB ID | Ete-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-448 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-448 Cfa-Mir-448 Cja-Mir-448 Cpo-Mir-448 Eca-Mir-448 Hsa-Mir-448 Laf-Mir-448 Mml-Mir-448 Mmr-Mir-448 Mmu-Mir-448 Ocu-Mir-448 Pab-Mir-448 Rno-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980336: 12020066-12020146 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-448) |
Mir-1298
JH980336: 11975080-11975153 [+]
UCSC
Mir-448 JH980336: 12020066-12020146 [+] UCSC |
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| Seed | UGCAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAGUUGACCUUCACAUGGGUGGGGAGGUUGAACAUCCUGCAUAGUGCUGCCAGGAAACCCCUAUUUCAUAAUAAGAGGGGGCAGGCUGGUUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAUCUCCCCACCCACUUCGCCACGACAGAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AGCAGUUGACCUUCACAU| UGA G U AGGAAACCCCUAUUUCA GGGUGGGGAGGU ACAUCCUGCAUA UGC GCC U CCCACCCCUCUA UGUAGGAUGUAU ACG UGG A CUAGACAGCACCGCUUCA^ CCC - U UCGGACGGGGGAGAAUA . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-448_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAACAUCCUGCAUAGUGCUGCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-448_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
61- UUGCAUAUGUAGGAUGUCCC -81
Get sequence
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