| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-448 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-448 Cja-Mir-448 Cpo-Mir-448 Eca-Mir-448 Ete-Mir-448 Hsa-Mir-448 Laf-Mir-448 Mml-Mir-448 Mmr-Mir-448 Mmu-Mir-448 Ocu-Mir-448 Pab-Mir-448 Rno-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 87558074-87558151 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGUUAACCUUCACAUGGGCAGGGAGGUUGAACAUCCUGCAUAGUGCUGCCAGGAAAUCCCUAUUUUAUACUAAGGGGGCUGGCUGGUUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAUCUCCCCGCCCACUUCAUCGAGACGCAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGUUAACCUUCACAU-| A UGA G U AGGAAAUCCCUAUUUU GGGC GGGAGGU ACAUCCUGCAUA UGC GCC A CCCG CCCUCUA UGUAGGAUGUAU ACG UGG U AUACGCAGAGCUACUUCA^ C CCC - U UCGGUCGGGGGAAUCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-448_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACAUCCUGCAUAGUGCUGCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-448_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
58- UUGCAUAUGUAGGAUGUCCC -78
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-448 miRDB: MIMAT0001535 |
