| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-448 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-448 Cpo-Mir-448 Ete-Mir-448 Hsa-Mir-448 Mml-Mir-448 Mmu-Mir-448 Ocu-Mir-448 Rno-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 87558074-87558151 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGUUAACCUUCACAUGGGCAGGGAGGUUGAACAUCCUGCAUAGUGCUGCCAGGAAAUCCCUAUUUUAUACUAAGGGGGCUGGCUGGUUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAUCUCCCCGCCCACUUCAUCGAGACGCAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGUUAACCUUCACAU-| A UGA G U AGGAAAUCCCUAUUUU GGGC GGGAGGU ACAUCCUGCAUA UGC GCC A CCCG CCCUCUA UGUAGGAUGUAU ACG UGG U AUACGCAGAGCUACUUCA^ C CCC - U UCGGUCGGGGGAAUCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-448_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACAUCCUGCAUAGUGCUGCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-448_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
58- UUGCAUAUGUAGGAUGUCCC -78
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-448 miRDB: MIMAT0001535 |
