MirGeneDB ID | Efe-Mir-22-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Efe-Mir-22-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-22-P1 Bfl-Mir-22-P1 Bko-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Cte-Mir-22-P1 Eba-Mir-22-P1 Egr-Mir-22-P1 Esc-Mir-22-P1 Gsa-Mir-22-P1 Hru-Mir-22-P1 Lan-Mir-22-P1 Lgi-Mir-22-P1 Lhy-Mir-22-P1 Llo-Mir-22-P1 Mgi-Mir-22-P1 Mom-Mir-22-P1 Npo-Mir-22-P1 Obi-Mir-22-P1 Ofu-Mir-22-P1 Ovu-Mir-22-P1 Pau-Mir-22-P1 Pca-Mir-22-P1 Pcr-Mir-22-P1 Pdu-Mir-22-P1 Pfl-Mir-22-P1 Pve-Mir-22-P1 Rph-Mir-22-P1 Sma-Mir-22-P1 Sme-Mir-22-P1 Snu-Mir-22-P1 War-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.45172: 3574-3634 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACAUGGAUCGAGGAGCGUCAACACGGAUCGACUCUCAAUCGGGCAACAUUGGUCUAUUGAACAACAAGCUGCCUGAUUAAGAGUUACGUCUGUGUUGGCGCCAACAUGCCUCGAAUCCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAACAUGGAUCGAGGAG-- C-| C ACA GUCUAU CGUCAACACGGAU GACUCU AAUCGGGCA UUG \ GCGGUUGUGUCUG UUGAGA UUAGUCCGU AAC U UCCUAAGCUCCGUACAACC CA^ A CG- AACAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Efe-Mir-22-P1c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGACUCUCAAUCGGGCAACAUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Efe-Mir-22-P1c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AGCUGCCUGAUUAAGAGUUACGU -61
Get sequence
|