| MirGeneDB ID | Dre-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr22: 28779730-28779789 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-217-v1
chr22: 28779730-28779788 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v2 chr22: 28779730-28779789 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr22: 28779961-28780023 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a chr22: 28780265-28780323 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-217-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCUGCAUGAGAACUUUCUGAUGUUGGUGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUGAUAUUCAGGAGCCAUCAGUUCCUGAUGCACUCCCAUCAGCAUCGAAAGAGACACCUGUGAGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCUGCAUGAGAACUUUC-| AUAC U AUGAUA UGAUGUUGGUG UGCAUCAGGAACUGAU GG U GCUACGACUAC ACGUAGUCCUUGACUA CC U UUUGAGUGUCCACAGAGAAA^ CCUC - GAGGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This is a very minor variant but reads are present for both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-217 |
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| Star sequence | Dre-Mir-217-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUGAUGCACUCCC -60
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-217-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUGCAUGAGAACUUUCUGAUGUUGGUGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUGAUAUUCAGGAGCCAUCAGUUCCUGAUGCACUCCCAUCAGCAUCGAAAGAGACACCUGUGAGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGCAUGAGAACUUUC--| AUAC U AUGAUA UGAUGUUGGUG UGCAUCAGGAACUGAU GG U GCUACGACUAC ACGUAGUCCUUGACUA CC U UUUGAGUGUCCACAGAGAAA^ CCUC - GAGGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-217-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-217 |
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| Star sequence | Dre-Mir-217-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUGAUGCACUCCC -59
Get sequence
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