| MirGeneDB ID | Dre-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-217-v2 Ami-Mir-217-v2 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v2 Cfa-Mir-217-v2 Cli-Mir-217-v2 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v2 Cpo-Mir-217-v2 Dno-Mir-217-v2 Ete-Mir-217-v2 Gga-Mir-217-v2 Gja-Mir-217-v2 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v2 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v2 Mmu-Mir-217-v2 Mun-Mir-217-v2 Oan-Mir-217-v2 Ocu-Mir-217-v2 Pbv-Mir-217-v2 Rno-Mir-217-v2 Sha-Mir-217-v2 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v2 Tgu-Mir-217-v2 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr22: 28779730-28779789 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-217-v1
chr22: 28779730-28779788 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v2 chr22: 28779730-28779789 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr22: 28779961-28780023 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a chr22: 28780265-28780323 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCUGCAUGAGAACUUUCUGAUGUUGGUGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUGAUAUUCAGGAGCCAUCAGUUCCUGAUGCACUCCCAUCAGCAUCGAAAGAGACACCUGUGAGUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCUGCAUGAGAACUUUC-| AUAC U AUGAUA UGAUGUUGGUG UGCAUCAGGAACUGAU GG U GCUACGACUAC ACGUAGUCCUUGACUA CC U UUUGAGUGUCCACAGAGAAA^ CCUC - GAGGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This is a very minor variant but reads are present for both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-217 |
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| Star sequence | Dre-Mir-217-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUGAUGCACUCCC -60
Get sequence
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