| MirGeneDB ID | Dme-Mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-963 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-963 Dmo-Mir-963-v1 Dsi-Mir-963 Dya-Mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 5642005-5642064 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-963-v1) |
Mir-959-v1
2L: 5640958-5641021 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5640959-5641020 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5641081-5641140 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5641208-5641266 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5641315-5641374 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v2 2L: 5642004-5642065 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v1 2L: 5642005-5642064 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5642127-5642187 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5642128-5642186 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-963-v1 |
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| Seed | CAAGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAACUAAUUUUUCUUAGUCUAAUCUAAAACAAGGUAAAUAUCAGGUUGUUUCCUGUAUUCGAUCGAAACAUCUGUAUAUACCUUUGUUCCGAUUGGACAAAAGUGCGUCUUCUAGUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACAACUAAUUUUUCUUA--| UAA - A U U CUGUA GUCUAAUC AACAA GGUA AUA CAGGU GUUUC U CAGGUUAG UUGUU CCAU UAU GUCUA CAAAG U GUUGAUCUUCUGCGUGAAAA^ CC- U A - - CUAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-963-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAAGGUAAAUAUCAGGUUGUUUC -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005477 TargetScanFly: dme-miR-963 |
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| Star sequence | Dme-Mir-963-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACAUCUGUAUAUACCUUUGUU -60
Get sequence
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| Variant | Dme-Mir-963-v2 |
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| Seed | ACAAGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACAACUAAUUUUUCUUAGUCUAAUCUAAAACAAGGUAAAUAUCAGGUUGUUUCCUGUAUUCGAUCGAAACAUCUGUAUAUACCUUUGUUCCGAUUGGACAAAAGUGCGUCUUCUAGUUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUACAACUAAUUUUUCUUA--| UAA - A U U CCUGUA GUCUAAUC AACAA GGUA AUA CAGGU GUUU U CAGGUUAG UUGUU CCAU UAU GUCUA CAAA U GGUUGAUCUUCUGCGUGAAAA^ CC- U A - - GCUAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-963-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAAGGUAAAUAUCAGGUUGUUU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005477 TargetScanFly: dme-miR-963 |
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| Star sequence | Dme-Mir-963-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAUCUGUAUAUACCUUUGUUC -62
Get sequence
|
