| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-963 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-963 Dme-Mir-963-v1 Dsi-Mir-963 Dya-Mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 14019392-14019454 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-963-v1) |
Mir-960
scaffold_6500: 14018218-14018275 [+]
Ensembl
Mir-962 scaffold_6500: 14018377-14018449 [+] Ensembl Mir-963-v2 scaffold_6500: 14019391-14019455 [+] Ensembl Mir-963-v1 scaffold_6500: 14019392-14019454 [+] Ensembl Mir-964 scaffold_6500: 14019536-14019594 [+] Ensembl |
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| Variant | Dmo-Mir-963-v1 |
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| Seed | CAAGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGUGCGCACUGAAUCGGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUCCCGUAUUCGAGUUUUGAAACCUCUGUAUAUACCUUUCAUUAGAUUCAACCGAAAGUCCAUAAAUAUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGUGCGCACUGAAUC--| CU AAC C U U CCGUAUU GGU AAUCUAA AAGGUA AUA CAGAG GUUUC \ CCA UUAGAUU UUCCAU UAU GUCUC CAAAG C AGUUAUAAAUACCUGAAAG^ AC ACU A - - UUUUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Mir-963-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUC -24
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Mir-963-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AACCUCUGUAUAUACCUUUCAU -63
Get sequence
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| Variant | Dmo-Mir-963-v2 |
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| Seed | ACAAGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAGUGCGCACUGAAUCGGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUCCCGUAUUCGAGUUUUGAAACCUCUGUAUAUACCUUUCAUUAGAUUCAACCGAAAGUCCAUAAAUAUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAGUGCGCACUGAAU--| CU AAC C U U CCCGUAUU CGGU AAUCUAA AAGGUA AUA CAGAG GUUU \ GCCA UUAGAUU UUCCAU UAU GUCUC CAAA C UAGUUAUAAAUACCUGAAA^ AC ACU A - - GUUUUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Mir-963-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Mir-963-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- ACCUCUGUAUAUACCUUUCAUU -65
Get sequence
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