MirGeneDB ID | Dmo-Mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-963 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-963 Dme-Mir-963-v1 Dsi-Mir-963 Dya-Mir-963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 14019392-14019454 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-963-v1) |
Mir-960
scaffold_6500: 14018218-14018275 [+]
Ensembl
Mir-962 scaffold_6500: 14018377-14018449 [+] Ensembl Mir-963-v2 scaffold_6500: 14019391-14019455 [+] Ensembl Mir-963-v1 scaffold_6500: 14019392-14019454 [+] Ensembl Mir-964 scaffold_6500: 14019536-14019594 [+] Ensembl |
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Variant | Dmo-Mir-963-v1 |
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Seed | CAAGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGUGCGCACUGAAUCGGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUCCCGUAUUCGAGUUUUGAAACCUCUGUAUAUACCUUUCAUUAGAUUCAACCGAAAGUCCAUAAAUAUUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGUGCGCACUGAAUC--| CU AAC C U U CCGUAUU GGU AAUCUAA AAGGUA AUA CAGAG GUUUC \ CCA UUAGAUU UUCCAU UAU GUCUC CAAAG C AGUUAUAAAUACCUGAAAG^ AC ACU A - - UUUUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dmo-Mir-963-v1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUC -24
Get sequence
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Star sequence | Dmo-Mir-963-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AACCUCUGUAUAUACCUUUCAU -63
Get sequence
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Variant | Dmo-Mir-963-v2 |
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Seed | ACAAGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAGUGCGCACUGAAUCGGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUCCCGUAUUCGAGUUUUGAAACCUCUGUAUAUACCUUUCAUUAGAUUCAACCGAAAGUCCAUAAAUAUUGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAGUGCGCACUGAAU--| CU AAC C U U CCCGUAUU CGGU AAUCUAA AAGGUA AUA CAGAG GUUU \ GCCA UUAGAUU UUCCAU UAU GUCUC CAAA C UAGUUAUAAAUACCUGAAA^ AC ACU A - - GUUUUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dmo-Mir-963-v2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUU -24
Get sequence
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Star sequence | Dmo-Mir-963-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- ACCUCUGUAUAUACCUUUCAUU -65
Get sequence
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