| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-962 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-962 Dme-Mir-962 Dsi-Mir-962 Dya-Mir-962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 14018377-14018449 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-962) |
Mir-960
scaffold_6500: 14018218-14018275 [+]
Ensembl
Mir-962 scaffold_6500: 14018377-14018449 [+] Ensembl Mir-963-v2 scaffold_6500: 14019391-14019455 [+] Ensembl Mir-963-v1 scaffold_6500: 14019392-14019454 [+] Ensembl Mir-964 scaffold_6500: 14019536-14019594 [+] Ensembl |
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| Seed | UAAGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUUGUCGUACUCGUAGAGCGCUCAAGUUAUAAGGUAGAGAUAUUGUUGUCUUUUUGCAUAUAGCACUCUGUUAUGAAAGACAUCAAUUCACUAGCUUUCAAUUUGUACGCUUAAAUGCAGCAACACACAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUUUGUCGUACUCGUA--| CU AU G A U U UUUUGCAUAUAG GAGCG CAAGUU AAG UAG GA AUUG UGUCU C UUCGC GUUUAA UUC AUC CU UAAC ACAGA A UGACACACAACGACGUAAA^ AU CU G A - U AAGUAUUGUCUC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Mir-962_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAAGGUAGAGAUAUUGUUGUCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Mir-962_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
51- ACAUCAAUUCACUAGCUUUCAA -73
Get sequence
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