| MirGeneDB ID | Dan-Mir-962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-962 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-962 Dmo-Mir-962 Dsi-Mir-962 Dya-Mir-962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 11085121-11085180 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-962) |
Mir-959-v1
scaffold_12916: 11084735-11084797 [+]
Ensembl
Mir-959-v2 scaffold_12916: 11084736-11084796 [+] Ensembl Mir-960 scaffold_12916: 11084881-11084940 [+] Ensembl Mir-961 scaffold_12916: 11085018-11085076 [+] Ensembl Mir-962 scaffold_12916: 11085121-11085180 [+] Ensembl Mir-963 scaffold_12916: 11085461-11085523 [+] Ensembl Mir-964 scaffold_12916: 11085596-11085658 [+] Ensembl |
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| Seed | UAAGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAACCACCUGGCCGAGGGCACUCAAGCUAUAAGGUAGAGAAAAUAAUGUCUUCGUCUCCAAAUAGACAUCAAUUUCCCUAGCUUGCAUUUUGCCUGCCCCCAAGCAACAAUGAUAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCAACCACCUGGCCGA--| CU CUA G A AUA UCGUC GGGCA CAAG UAAG UAG GAAA AUGUCU U CCCGU GUUU GUUC AUC CUUU UACAGA C ACAAUAGUAACAACGAACC^ CC UAC G C AAC UAAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dan-Mir-962_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAAGGUAGAGAAAAUAAUGUCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Dan-Mir-962_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAUCAAUUUCCCUAGCUUGCAU -60
Get sequence
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