| MirGeneDB ID | Dan-Mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-960 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-960 Dmo-Mir-960 Dsi-Mir-960 Dya-Mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 11084881-11084940 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-960) |
Mir-959-v1
scaffold_12916: 11084735-11084797 [+]
Ensembl
Mir-959-v2 scaffold_12916: 11084736-11084796 [+] Ensembl Mir-960 scaffold_12916: 11084881-11084940 [+] Ensembl Mir-961 scaffold_12916: 11085018-11085076 [+] Ensembl Mir-962 scaffold_12916: 11085121-11085180 [+] Ensembl Mir-963 scaffold_12916: 11085461-11085523 [+] Ensembl Mir-964 scaffold_12916: 11085596-11085658 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAAUCAAUAUGAGUUUUGUGCCAGAUUCUGAGUAUUCCUGAUUGCAUAGCUCUGUGUUGUGACUGCUAUACGGUCUGGGACACUUCUAACAUGGCAUCAAAUCUGUGUCAACGGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCAAUCAAUAUGAGUU- -| GA CU A U C UCUGUG UUG UGCCA UU GAGU UUCC GAUUG AUAGC U AAC ACGGU AA UUCA AGGG CUGGC UAUCG U CGACGGCAACUGUGUCUA U^ AC UC C U A UCAGUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -2 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dan-Mir-960_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUAUUCCUGAUUGCAUAGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Dan-Mir-960_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUACGGUCUGGGACACUUCUA -60
Get sequence
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