| MirGeneDB ID | Dan-Mir-959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-959 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-959-v1 Dsi-Mir-959-v1 Dya-Mir-959-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 11084735-11084797 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-959-v1) |
Mir-959-v1
scaffold_12916: 11084735-11084797 [+]
Ensembl
Mir-959-v2 scaffold_12916: 11084736-11084796 [+] Ensembl Mir-960 scaffold_12916: 11084881-11084940 [+] Ensembl Mir-961 scaffold_12916: 11085018-11085076 [+] Ensembl Mir-962 scaffold_12916: 11085121-11085180 [+] Ensembl Mir-963 scaffold_12916: 11085461-11085523 [+] Ensembl Mir-964 scaffold_12916: 11085596-11085658 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dan-Mir-959-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUAAAUUUAUUUCAAUUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGAUAAAGACCUUUCCUGGAGCCGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGCUCAAAAAACCAGCACAAUGUAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUAAAUUUAUUUCAAU- UU -| U GGGU ACCUUUCC UUUG CUAUA UUC UAGUACUC UGAUAAAG \ AAAC GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUUC U CUAUGUAACACGACCAAA UC A^ U GGCU CGCCGAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-959-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUAGUACUCGGGUUGAUAAAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-959-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dan-Mir-959-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAAUUUAUUUCAAUUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGAUAAAGACCUUUCCUGGAGCCGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGCUCAAAAAACCAGCACAAUGUAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAAAUUUAUUUCAAUU- UU -| U GGGU ACCUUUCC UUG CUAUA UUC UAGUACUC UGAUAAAG \ AAC GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUUC U UAUGUAACACGACCAAAA UC A^ U GGCU CGCCGAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-959-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGUACUCGGGUUGAUAAAGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-959-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGA -61
Get sequence
|
