| MirGeneDB ID | Dme-Mir-964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-964 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-964 Dmo-Mir-964 Dsi-Mir-964-v1 Dya-Mir-964-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 5642127-5642187 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-964-v1) |
Mir-959-v1
2L: 5640958-5641021 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5640959-5641020 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5641081-5641140 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5641208-5641266 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5641315-5641374 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v2 2L: 5642004-5642065 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v1 2L: 5642005-5642064 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5642127-5642187 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5642128-5642186 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dme-Mir-964-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUACCAAUAACAUAUUGGUCCAACUUGCCUUAGAAUAGGGGAGCUUAACUUAUGUUUUUGAUGUUUAAGUUAAAAGCCUCUGUUCUAAGACAAUUUGAUGAUCAAAACAGCCGGAGAAAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAUACCAAUAACAUAUUGGUC--| C C AGC AUGUUUU CAA UUG CUUAGAAUAGGGG UUAACUU \ GUU AAC GAAUCUUGUCUCC AAUUGAA U UAAAGAGGCCGACAAAACUAGUA^ U A GAA UUUGUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-964-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0005478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGAAUAGGGGAGCUUAACUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005478 TargetScanFly: dme-miR-964 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-964-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUUAAAAGCCUCUGUUCUAAGA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dme-Mir-964-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUACCAAUAACAUAUUGGUCCAACUUGCCUUAGAAUAGGGGAGCUUAACUUAUGUUUUUGAUGUUUAAGUUAAAAGCCUCUGUUCUAAGACAAUUUGAUGAUCAAAACAGCCGGAGAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUACCAAUAACAUAUUGGUC--| C C AGC UGUUUU CAA UUG CUUAGAAUAGGGG UUAACUUA \ GUU AAC GAAUCUUGUCUCC AAUUGAAU U AAAGAGGCCGACAAAACUAGUA^ U A GAA UUGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-964-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0005478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAAUAGGGGAGCUUAACUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005478 TargetScanFly: dme-miR-964 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-964-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGUUAAAAGCCUCUGUUCUAAG -59
Get sequence
|
