| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-964 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-964 Dme-Mir-964-v1 Dmo-Mir-964 Dya-Mir-964-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 5446777-5446837 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-964-v1) |
Mir-959-v1
2L: 5445611-5445674 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5445612-5445673 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5445734-5445793 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5445861-5445919 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5445969-5446028 [+] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 5446636-5446695 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5446777-5446837 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5446778-5446836 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dsi-Mir-964-v1 |
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| Seed | UAGAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUCAAUCAAAAUCUUGGUCCAACUUGCCUUAGAAUAGGGGAGCUUAACUUGUGUUUUUAAUGUUUAAGUUAAAAGCCACUGUUCUAAGACAAUUUGAUGAUCAAAACUUCAACUUCAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUCAAUCAAAAUCUUGGUC--| C C G AGC GUGUUUU CAA UUG CUUAGAAUAG GG UUAACUU \ GUU AAC GAAUCUUGUC CC AAUUGAA U UUACUUCAACUUCAAAACUAGUA^ U A A GAA UUUGUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-964-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGAAUAGGGGAGCUUAACUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-964-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0012476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUUAAAAGCCACUGUUCUAAGA -61
Get sequence
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| Variant | Dsi-Mir-964-v2 |
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| Seed | AGAAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUCAAUCAAAAUCUUGGUCCAACUUGCCUUAGAAUAGGGGAGCUUAACUUGUGUUUUUAAUGUUUAAGUUAAAAGCCACUGUUCUAAGACAAUUUGAUGAUCAAAACUUCAACUUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUCAAUCAAAAUCUUGGUC--| C C G AGC UGUUUU CAA UUG CUUAGAAUAG GG UUAACUUG \ GUU AAC GAAUCUUGUC CC AAUUGAAU U UACUUCAACUUCAAAACUAGUA^ U A A GAA UUGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-964-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAAUAGGGGAGCUUAACUUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-964-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0012476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGUUAAAAGCCACUGUUCUAAG -59
Get sequence
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