| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-959 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-959-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 5445612-5445673 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-959-v2) |
Mir-959-v1
2L: 5445611-5445674 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5445612-5445673 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5445734-5445793 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5445861-5445919 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5445969-5446028 [+] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 5446636-5446695 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5446777-5446837 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5446778-5446836 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dsi-Mir-959-v2 |
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| Seed | UAGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAAUAGAUUUUAACUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGAUAAAGACCUUUUCUUUGCGGAGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGUUUAAAGAAGCUGCAAGGAUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAAAUAGAUUUUAACU- UU -| U GGGU ACCUUUUC UUG CUAUA UUC UAGUACUC UGAUAAAG U AAU GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUUC U UACUAGGAACGUCGAAGA UU A^ U GGCU CGAGGCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-959-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGUACUCGGGUUGAUAAAGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-959-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0012508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGA -62
Get sequence
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| Variant | Dsi-Mir-959-v1 |
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| Seed | UGUCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUAAAUAGAUUUUAACUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGAUAAAGACCUUUUCUUUGCGGAGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGUUUAAAGAAGCUGCAAGGAUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUAAAUAGAUUUUAAC- UU -| U GGGU ACCUUUUC UUUG CUAUA UUC UAGUACUC UGAUAAAG U AAAU GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUUC U CUACUAGGAACGUCGAAG UU A^ U GGCU CGAGGCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-959-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUAGUACUCGGGUUGAUAAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-959-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAA -64
Get sequence
|
