MirGeneDB ID | Cte-Mir-279-o11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-279-o12 Cte-Mir-279-o13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lpo-Mir-279-P11 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_19: 703521-703582 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o11) |
Mir-36
CAPTEscaffold_19: 701730-701789 [-]
Ensembl
Mir-279-o11 CAPTEscaffold_19: 703521-703582 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAUUUUGUGUCGUUUCGCUGUCGCCUUGAAUGGCUGUGGAUCAAGUCCAUGUUAAGAUUUCGAAUUGUCAUGACUAGAUCCACACUCAUCCAGGUUGGCGGCUAGCCCUUCGUUUGAAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAUUUUGUGUCGUUUC--| C A GC A C UUAAGAUU GCUGUCG CUUG AUG UGUGGAUC AGUC AUG \ CGGCGGU GGAC UAC ACACCUAG UCAG UAC U UAAAAGUUUGCUUCCCGAU^ U C UC A - UGUUAAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the Drosophila Mir-279s relate to the other invertebrate Mir-279s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-279-o11_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGGCUGUGGAUCAAGUCCAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-279-o11_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UGACUAGAUCCACACUCAUCC -62
Get sequence
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