MirGeneDB ID | Cpo-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-130-P1c Cpo-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-130-P3b Cfa-Mir-130-P3b Cmi-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P3b Dre-Mir-130-P3b1 Gmo-Mir-130-P3b1 Hsa-Mir-130-P3b Lch-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P3b Mml-Mir-130-P3b Oan-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_32: 7083450-7083514 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3b) |
Mir-130-P3b
scaffold_32: 7083450-7083514 [-]
UCSC
Mir-130-P2b scaffold_32: 7094160-7094221 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAUUUCCUGUUUAUUACCAGAUCCUAGAACCCUAUCAAUAUUGUCUCUGCUGUAUAAAUAGCUCUGAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUUUGGUAUUUGGGAAAAACAAUGGGCAGGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGAUUUCCUGUUUAUUA-- C ---| CU GUAUAAA CCAGAU CUAGAACCCUAU CAAUAUUGU CUGCU \ GGUUUA GGUUUUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GUCGGACGGGUAACAAAAAG U UUC^ U- GUCUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-130-P3b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGUCUCUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-130-P3b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU -65
Get sequence
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