| MirGeneDB ID | Bta-Mir-154-P8a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-329b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-154-P1 Bta-Mir-154-P2-v1 Bta-Mir-154-P3-v1 Bta-Mir-154-P4 Bta-Mir-154-P5 Bta-Mir-154-P6a-v1 Bta-Mir-154-P6b Bta-Mir-154-P6c Bta-Mir-154-P7 Bta-Mir-154-P8b Bta-Mir-154-P9 Bta-Mir-154-P10 Bta-Mir-154-P11 Bta-Mir-154-P12 Bta-Mir-154-P14 Bta-Mir-154-P16 Bta-Mir-154-P17 Bta-Mir-154-P18 Bta-Mir-154-P19 Bta-Mir-154-P21 Bta-Mir-154-P22 Bta-Mir-154-P23 Bta-Mir-154-P24 Bta-Mir-154-P25 Bta-Mir-154-P26 Bta-Mir-154-P27 Bta-Mir-154-P28 Bta-Mir-154-P29 Bta-Mir-154-P30 Bta-Mir-154-P31 Bta-Mir-154-P32 Bta-Mir-154-P33 Bta-Mir-154-P34 Bta-Mir-154-P35 Bta-Mir-154-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-154-P8a Cja-Mir-154-P8a Cpo-Mir-154-P8-o1 Dno-Mir-154-P8a Eca-Mir-154-P8a Ete-Mir-154-P8a Hsa-Mir-154-P8a Laf-Mir-154-P8 Mml-Mir-154-P8a Mmr-Mir-154-P8a Mmu-Mir-154-P8-o1 Ocu-Mir-154-P8-o1 Pab-Mir-154-P8a Rno-Mir-154-P8-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037348.1: 65917157-65917214 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P8a) |
Mir-154-P1
NC_037348.1: 65912523-65912581 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 NC_037348.1: 65913749-65913806 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 NC_037348.1: 65913750-65913805 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 NC_037348.1: 65914212-65914266 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 NC_037348.1: 65914213-65914265 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 NC_037348.1: 65915443-65915499 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P36 NC_037348.1: 65915604-65915659 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 NC_037348.1: 65915956-65916011 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 NC_037348.1: 65916120-65916175 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 NC_037348.1: 65916120-65916175 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 NC_037348.1: 65916418-65916475 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a NC_037348.1: 65917157-65917214 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b NC_037348.1: 65917467-65917526 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 NC_037348.1: 65920329-65920384 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 NC_037348.1: 65920673-65920729 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 NC_037348.1: 65922476-65922533 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 NC_037348.1: 65923887-65923943 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P35 NC_037348.1: 65925899-65925954 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 NC_037348.1: 65928589-65928648 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 NC_037348.1: 65928963-65929020 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 NC_037348.1: 65929334-65929391 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 NC_037348.1: 65929490-65929545 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 NC_037348.1: 65929716-65929773 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 NC_037348.1: 65930080-65930137 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 NC_037348.1: 65932020-65932079 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 NC_037348.1: 65933715-65933777 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 NC_037348.1: 65934207-65934264 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 NC_037348.1: 65935015-65935078 [+] UCSC Ensembl Mir-544 NC_037348.1: 65937023-65937079 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 NC_037348.1: 65937984-65938043 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 NC_037348.1: 65940135-65940188 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 NC_037348.1: 65940523-65940580 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 NC_037348.1: 65943535-65943592 [+] UCSC Ensembl Mir-134 NC_037348.1: 65943909-65943973 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 NC_037348.1: 65944610-65944668 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b NC_037348.1: 65945376-65945432 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 NC_037348.1: 65948700-65948757 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 NC_037348.1: 65949014-65949074 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 NC_037348.1: 65949538-65949591 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 NC_037348.1: 65951143-65951202 [+] UCSC Ensembl Mir-541 NC_037348.1: 65953000-65953065 [+] UCSC Ensembl Mir-3957 NC_037348.1: 65953387-65953445 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 NC_037348.1: 65953907-65953960 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 NC_037348.1: 65954052-65954107 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 NC_037348.1: 65954195-65954250 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 NC_037348.1: 65954526-65954581 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6c NC_037348.1: 65955040-65955095 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 NC_037348.1: 65955342-65955398 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACACACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUCAGUGUUCAUCCAUGGUACCUGAAGAGAGGUUUUCUGGGUUUCUGUUUCUUUAAUGAGGAUGAAACACACCUGGUUAACCUCUUUUCCAGUAUCAAAUCCCAUCUUGAAGGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGUCAGUGUUCAUCCA--| CU UU UG UUC UUUAA UGGUAC GAAGAGAGGUU C GGU UGUUUC U ACUAUG CUUUUCUCCAA G CCA ACAAAG G UCCGGAAGUUCUACCCUAA^ AC UU GU C-- UAGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-154-P8a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGGUUUUCUGGGUUUCUGUUUC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-329b |
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| Mature sequence | Bta-Mir-154-P8a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AACACACCUGGUUAACCUCUU -58
Get sequence
|
