MirGeneDB ID | Bla-Mir-103-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bla-Mir-103-P5 Bla-Mir-103-P6 Bla-Mir-103-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bfl-Mir-103-P8 Hmi-Mir-103 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Sko-Mir-103 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Xbo-Mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (BraLan2) |
Sc0000082: 843372-843431 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-103-P8) |
Mir-103-P8
Sc0000082: 843372-843431 [-]
Ensembl
Mir-103-P7 Sc0000082: 845654-845713 [-] Ensembl |
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Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAAGCCUGAUCCCUCAUCCAUGUUUCAACUGUUGCAUCUUGCUGCCUUUAGAACCUUCCAUCCAUAAAGCAGCAGUAUGCAAUGGUGAAAAAUGGAUGCCAUGAUUCAGCUGUAGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGGAAGCCUGAUCCCU--| G A C CUUUAGAACCU CAUCCAU UUUCA CUGUUGCAU UUGCUGC \ GUAGGUA AAAGU GGUAACGUA GACGACG U UAGAUGUCGACUUAGUACC^ A - U AAAUACCUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bla-Mir-103-P8_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGUUGCAUCUUGCUGCCUUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Bla-Mir-103-P8_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AAGCAGCAGUAUGCAAUGGUG -60
Get sequence
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