MirGeneDB ID | Bfl-Mir-103-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-2067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-103-P5 Bfl-Mir-103-P6 Bfl-Mir-103-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-103-P8 Hmi-Mir-103 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Sko-Mir-103 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Xbo-Mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049980.1: 23517098-23517157 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-103-P8) |
Mir-103-P7
NC_049980.1: 23514642-23514701 [+]
UCSC
Mir-103-P8 NC_049980.1: 23517098-23517157 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAAGCCUGAUCCCUCAUCCAUGUUUCAACUGUUGCAUCUUGCUGCCUUUAGAACCUUCCAUCCAUAAAGCAGCAGUAUGCAAUGGUGAAAACUGGAUGCCAUGAUUCAGCUGUAAAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGGAAGCCUGAUCCCU--| U CA C CUUUAGAACCU CAUCCA GUUU ACUGUUGCAU UUGCUGC \ GUAGGU CAAA UGGUAACGUA GACGACG U UAAAUGUCGACUUAGUACC^ - AG U AAAUACCUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bfl-Mir-103-P8_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGUUGCAUCUUGCUGCCUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Mir-103-P8_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AAGCAGCAGUAUGCAAUGGUG -60
Get sequence
|