MirGeneDB ID | Bfl-Mir-103-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-2064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-103-P5 Bfl-Mir-103-P7 Bfl-Mir-103-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-103-P6 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Sko-Mir-103 Spu-Mir-103 Xbo-Mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Deuterostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049987.1: 7507428-7507486 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-103-P6) |
Mir-103-P6
NC_049987.1: 7507428-7507486 [-]
UCSC
Mir-103-P5 NC_049987.1: 7512038-7512104 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGAGCACUGCCCAUUCAGCCACCUUGUCCACGGUUGCAUUGUGUUGGUCUUUGUAGCGUGUGAACAAAGCAGCACUGUGCAACUGUGUAGAUGGAUGGCCCAUGCUGCAGUUACCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGAGCACUGCCCAUUCA- -| UUGUC U GU UAGCG GCCA CC CACGGUUGCAU GUGUUG CUUUG \ CGGU GG GUGUCAACGUG CACGAC GAAAC U GGACCAUUGACGUCGUACC A^ UAGAU U -- AAGUG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-103-P6_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGGUUGCAUUGUGUUGGUCUUUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-103-P6_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAGCAGCACUGUGCAACUGUGU -59
Get sequence
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