| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-103-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-2064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-103-P5 Bfl-Mir-103-P7 Bfl-Mir-103-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-103-P6 Hmi-Mir-103 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Sko-Mir-103 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Xbo-Mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049987.1: 7507428-7507486 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-103-P6) |
Mir-103-P6
NC_049987.1: 7507428-7507486 [-]
UCSC
Mir-103-P5 NC_049987.1: 7512038-7512104 [-] UCSC |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAGCACUGCCCAUUCAGCCACCUUGUCCACGGUUGCAUUGUGUUGGUCUUUGUAGCGUGUGAACAAAGCAGCACUGUGCAACUGUGUAGAUGGAUGGCCCAUGCUGCAGUUACCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAGCACUGCCCAUUCA- -| UUGUC U GU UAGCG GCCA CC CACGGUUGCAU GUGUUG CUUUG \ CGGU GG GUGUCAACGUG CACGAC GAAAC U GGACCAUUGACGUCGUACC A^ UAGAU U -- AAGUG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-103-P6_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGUUGCAUUGUGUUGGUCUUUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-103-P6_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAGCAGCACUGUGCAACUGUGU -59
Get sequence
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