| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-103-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-103-P6 Bfl-Mir-103-P7 Bfl-Mir-103-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-103-P5 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Sko-Mir-103 Spu-Mir-103 Xbo-Mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Deuterostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049987.1: 7512038-7512104 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-103-P5) |
Mir-103-P6
NC_049987.1: 7507428-7507486 [-]
UCSC
Mir-103-P5 NC_049987.1: 7512038-7512104 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGUGUGUGUGGUGGAUGGUUUUGCCCCUGAGCCAUUGCAUUUGUCUGCCUUGUCUGUGCAUUGAGAUGUCCAAAGCAGCAUAGUGCAAUGGUGUCAGGGUCAGGACUGAAGUCUGCGAGUUCAAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUGUGUGUGGUGGAU-- C - -| U C GUCUGUGCA GGUUUUG CCCUGA GCCAUUGCAUU UG CUGC UU U UCAGGAC GGGACU UGGUAACGUGA AC GACG AA U CAAACUUGAGCGUCUGAAG U G U^ - A CCUGUAGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-103-P5_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCCAUUGCAUUUGUCUGCCUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-103-P5_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AGCAGCAUAGUGCAAUGGUGUCA -67
Get sequence
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