| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-725 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-725 Cpi-Mir-725 Dre-Mir-725 Gmo-Mir-725 Lch-Mir-725 Loc-Mir-725 Mal-Mir-725 Sto-Mir-725 Tni-Mir-725 Xla-Mir-725-P1 Xla-Mir-725-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 99035854-99035909 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGGCUUAUCUUCAGAGGGUUUUACGUUCCACUUGAAACUGUGCCUGUUGUGAAAAGCAGCAUUUCAGUCACGGUUUUUGGUGGAGUGUGAAUCUCUCAGCAGCAGACCGAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGGGCUUAUCUUCAGA--| U U C UU GAAA GGG UUUACGUUCCACU GAAACUGUG CUG GU A CUC AAGUGUGAGGUGG UUUUGGCAC GAC UA G GAAGAGCCAGACGACGACU^ U U U UU CGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-725_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACUUGAAACUGUGCCUGUUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-725_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UUCAGUCACGGUUUUUGGUGGA -56
Get sequence
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