| MirGeneDB ID | Xla-Mir-101-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v1 Cpo-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v1 Eca-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v1 Gmo-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v1 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v1 Sto-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P1-v1 Xtr-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 73858578-73858634 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P1a-v2) |
Mir-101-P1a-v1
NC_030730.1: 73858577-73858635 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P1a-v2 NC_030730.1: 73858578-73858634 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-101-P1a-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCAUUGUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCUACUCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAUCUUAACUUCAGCUGCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCCAUUGUGACUGACA--| CUGGC A GUCUA GGCUGCC UCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU C CCGACGG AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG U CUCGUCGACUUCAAUUCUA^ UAGGA - AAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-101-P1a-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-101-P1a-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-101-P1a-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCCAUUGUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCUACUCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAUCUUAACUUCAGCUGCUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCCAUUGUGACUGACA--| CUGGC A UGUCUA GGCUGCC UCAGUUAUCACAGUGCUG UGC C CCGACGG AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUG U ACUCGUCGACUUCAAUUCUA^ UAGGA - GAAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-101-P1a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-101-P1a-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
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