| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-210-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xbo-Mir-210-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold1007: 23015-23077 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-210-P19) |
Mir-210-P19
scaffold1007: 23015-23077 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-210-P20 scaffold1007: 23177-23237 [+] UCSC Ensembl Mir-12496 scaffold1007: 24070-24129 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUGUAUUUGUAUUGUGGCGUGUAUUUUGCGUGGCUUUGUGACGCAUCCAAGUGUAGAAUUGACGUCGACUUGUGCGUUGCACAGUUACGAGAAAUACUCGCGAGCCAACGCCCCUAAAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUGUAUUUGUAUUGUG--| U UG U UG UC GUAGAAU GCG GUAUUU CGUGGCU UG ACGCA CAAGU \ CGC CAUAAA GCAUUGA AC UGCGU GUUCA U CAAAAAUCCCCGCAACCGAG^ U GA C GU -- GCUGCAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xbo-Mir-210-P19_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGGCUUUGUGACGCAUCCAAGU -24
Get sequence
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| Star sequence | Xbo-Mir-210-P19_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUGUGCGUUGCACAGUUACGAG -63
Get sequence
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