MirGeneDB ID | Tni-Mir-728-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-728 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-728-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gmo-Mir-728-P2 Loc-Mir-728 Mal-Mir-728-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15: 2762818-2762877 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-728-P2) |
Mir-728-P2
15: 2762818-2762877 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-727-P2-v1 15: 2764145-2764210 [-] UCSC Ensembl Mir-727-P2-v2 15: 2764146-2764208 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AUACUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCUUCAUCGGAUUCUGGCCCCCCUGAGGAAAUGUAGUAGACUAUAAGUAUACGUGGGUCAGACUGUAUACUAAGUAUACUACGUUUACUCAAGAGCGGCGCCUCGUUUCUGCCGCCGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGCUUCAUCGGAUUCUG- CCCC-| G G AUA UGGG GCC UGAG AAAUGUAGUA ACU AGUAUACG U CGG ACUC UUUGCAUCAU UGA UCAUAUGU C GGCCGCCGUCUUUGCUCCG CGAGA^ A A A-- CAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-728-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAUGUAGUAGACUAUAAGUAUACG -25
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-728-P2_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUACUAAGUAUACUACGUUUAC -60
Get sequence
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