| MirGeneDB ID | Tni-Mir-727-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-727-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-727-P2 Mal-Mir-727-P2-v1 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15: 2764145-2764210 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-P2-v1) |
Mir-728-P2
15: 2762818-2762877 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-727-P2-v1 15: 2764145-2764210 [-] UCSC Ensembl Mir-727-P2-v2 15: 2764146-2764208 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-727-P2-v1 |
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| Seed | UGAGGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCAACACCCACUGUCCUGUAUGUCUUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUACUAUGGAAACUGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUACAGAUUCACGUAGCAGCUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCAACACCCACUGUC- -| C C CU - CCGUUACUAU CUGUAU GU UUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC \ GACAUG CG AAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G UGGUCGACGAUGCACUUA U^ U - C- A AGUGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-727-P2-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-727-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUGAGGCGAGUUGAAGACUAAA -66
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-727-P2-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAACACCCACUGUCCUGUAUGUCUUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUACUAUGGAAACUGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUACAGAUUCACGUAGCAGCUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAACACCCACUGUCCU-- -| C C CU - CCGUUACUAU GUAU GU UUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC \ CAUG CG AAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G GGUCGACGAUGCACUUAGA U^ U - C- A AGUGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-727-P2-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-727-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -63
Get sequence
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