| MirGeneDB ID | Tni-Mir-727-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-727-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-727-P1-v1 Gmo-Mir-727-P1 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
6: 6650136-6650202 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-P1-v1) |
Mir-727-P1-v1
6: 6650136-6650202 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-727-P1-v2 6: 6650138-6650200 [+] UCSC Ensembl Mir-728-P1 6: 6651213-6651275 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-727-P1-v1 |
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| Seed | UGAGGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUGAAGGAGGUCCAGCUGAGUGGCGCUUUCAGUCUUCAGUUCCUCCCAGCCCAUAAUGUUGUCAACACUGUGUUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAAGCGCUGCUCAGAUUCGUGCCGCAGACCCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUGAAGGAGGUCCAG--| UG C GU CU - CCAUAAUGUU CUGAG GCGCUUU AGUCUUCA UC CC CAGC \ GACUC CGCGAAA UCAGAAGU AG GG GUUG G AGCCCAGACGCCGUGCUUA^ GU U UG C- A UGUCACAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-727-P1-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAGUUCCUCCCAGCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-727-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAA -67
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-727-P1-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAAGGAGGUCCAGCUGAGUGGCGCUUUCAGUCUUCAGUUCCUCCCAGCCCAUAAUGUUGUCAACACUGUGUUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAAGCGCUGCUCAGAUUCGUGCCGCAGACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAAGGAGGUCCAGCU--| UG C GU CU - C AUAAUGUU GAG GCGCUUU AGUCUUCA UC CC CAGC C \ CUC CGCGAAA UCAGAAGU AG GG GUUG G G CCCAGACGCCGUGCUUAGA^ GU U UG C- A U UCACAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-727-P1-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAGUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-727-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUUA -63
Get sequence
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