MirGeneDB ID | Tni-Mir-727-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-727-P1-v1 Tni-Mir-727-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-727-P1-v1 Gmo-Mir-727-P1 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
6: 6650138-6650200 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-P1-v2) |
Mir-727-P1-v1
6: 6650136-6650202 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-727-P1-v2 6: 6650138-6650200 [+] UCSC Ensembl Mir-728-P1 6: 6651213-6651275 [+] UCSC Ensembl |
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Variant | Tni-Mir-727-P1-v2 |
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Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAAGGAGGUCCAGCUGAGUGGCGCUUUCAGUCUUCAGUUCCUCCCAGCCCAUAAUGUUGUCAACACUGUGUUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAAGCGCUGCUCAGAUUCGUGCCGCAGACCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAAGGAGGUCCAGCU--| UG C GU CU - C AUAAUGUU GAG GCGCUUU AGUCUUCA UC CC CAGC C \ CUC CGCGAAA UCAGAAGU AG GG GUUG G G CCCAGACGCCGUGCUUAGA^ GU U UG C- A U UCACAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-727-P1-v2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUCUUCAGUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-727-P1-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUUA -63
Get sequence
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Variant | Tni-Mir-727-P1-v1 |
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Seed | UGAGGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUGAAGGAGGUCCAGCUGAGUGGCGCUUUCAGUCUUCAGUUCCUCCCAGCCCAUAAUGUUGUCAACACUGUGUUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAAGCGCUGCUCAGAUUCGUGCCGCAGACCCGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUGAAGGAGGUCCAG--| UG C GU CU - CCAUAAUGUU CUGAG GCGCUUU AGUCUUCA UC CC CAGC \ GACUC CGCGAAA UCAGAAGU AG GG GUUG G AGCCCAGACGCCGUGCUUA^ GU U UG C- A UGUCACAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-727-P1-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUCUUCAGUUCCUCCCAGCC -23
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-727-P1-v1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAA -67
Get sequence
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