| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-728-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-728 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-728b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-728-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Loc-Mir-728 Mal-Mir-728-P2 Tni-Mir-728-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3398: 327629-327691 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-728-P2) |
Mir-727-P2
GeneScaffold_3398: 325708-325773 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-728-P2 GeneScaffold_3398: 327629-327691 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGUCAUGCAGGUAUUUGCAUCUCUUGAGAAAAUGUAGUAGACUAUAAGUAUACAUGAAAAUGCAGGGAGUAUACUAAGUACACUAUGUUUAAUCAAGGGACGCCACUUCAGAGGGAGACGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGUCAUGCAGGUAUUU--| A GA AG AUA AUGAAAA GC UCUCUUGA AAAUGUAGU ACU AGUAUAC \ CG AGGGAACU UUUGUAUCA UGA UCAUAUG U GUGCAGAGGGAGACUUCAC^ C AA CA A-- AGGGACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-728-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUGUAGUAGACUAUAAGUAUAC -24
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-728-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AUACUAAGUACACUAUGUUUAA -63
Get sequence
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