| MirGeneDB ID | Tca-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-210-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG4: 7127336-7127398 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-210-v2) |
Mir-210-v1
LG4: 7127336-7127398 [-]
Ensembl
Mir-210-v2 LG4: 7127336-7127398 [-] Ensembl |
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| Variant | Tca-Mir-210-v2 |
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| Seed | UUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAGUUGAAGACUUGGCUGAAUCUCACUGCAGCUGCUGGACGCUGCACAAGAUUAGAUAUUUUAGAACUCUUGUGCGUGUGACAGCGGCUAUUGUGGGUAUUCUUAUUCAACAAUCAACGGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAGUUGAAGACUUGGCU-- - UGC G-| U UUAGAUA GAAU CUCAC AGCUGCUG ACGC GCACAAGA U CUUA GGGUG UCGGCGAC UGUG CGUGUUCU U UCGGCAACUAACAACUUAUU U UUA AG^ - CAAGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-210-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGCUGGACGCUGCACAAGAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-210-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUUGUGCGUGUGACAGCGGCUAUU -63
Get sequence
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| Variant | Tca-Mir-210-v1 |
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| Seed | UGUGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAGUUGAAGACUUGGCUGAAUCUCACUGCAGCUGCUGGACGCUGCACAAGAUUAGAUAUUUUAGAACUCUUGUGCGUGUGACAGCGGCUAUUGUGGGUAUUCUUAUUCAACAAUCAACGGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAGUUGAAGACUUGGCU-- - UGC G-| U UUAGAUA GAAU CUCAC AGCUGCUG ACGC GCACAAGA U CUUA GGGUG UCGGCGAC UGUG CGUGUUCU U UCGGCAACUAACAACUUAUU U UUA AG^ - CAAGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-210-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGCUGGACGCUGCACAAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-210-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUGUGCGUGUGACAGCGGCUAUU -63
Get sequence
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