| MirGeneDB ID | Spu-Mir-92-o17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Mir-92-o13 Spu-Mir-92-o14 Spu-Mir-92-o15 Spu-Mir-92-o16 Spu-Mir-92-o18 Spu-Mir-92-o19 Spu-Mir-92-o20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 Sro-Mir-92-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000006.1: 26943673-26943760 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o17) |
Mir-92-o17
AAGJ06000006.1: 26943673-26943760 [-]
Ensembl
Mir-92-o16 AAGJ06000006.1: 26944529-26944593 [-] Ensembl Mir-92-o15 AAGJ06000006.1: 26944977-26945042 [-] Ensembl Mir-92-o14 AAGJ06000006.1: 26946651-26946718 [-] Ensembl Mir-92-o13 AAGJ06000006.1: 26954701-26954769 [-] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGUAGCUGUGAUCAUUAACCAAAUCGUGCUGGUCAGGAUGCUUGCAGUGCUGUGGCUUGCUCGUCUUAUGACGAGCAAAACUAAAGCUUUCUUAGUAUUGCACUCGUCCCGGCCAGUAGGGUAUCUGGUAUAAAACAUCUUAGGCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCGUAGCUGUGAUCAUUA A--| G A CU GUGGCUUGCUCGUCUUAUGA ACCA AUC UGCUGGUC GGAUG UGCAGUGCU C UGGU UGG AUGACCGG CCUGC ACGUUAUGA G GGCGGAUUCUACAAAAUA CUA^ G C UC UUCUUUCGAAAUCAAAACGA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Spu-Mir-92-o17_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCAGGAUGCUUGCAGUGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Spu-Mir-92-o17_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
66- UAUUGCACUCGUCCCGGCCAGU -88
Get sequence
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