| MirGeneDB ID | Sme-Mir-210-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-2161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-210-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000069_dd_Smes_g4_69: 431098-431163 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUAAAUUUCUUUUCCUUUGUCUGUAAUAGUAUCUUUUUUAUUACGUACAAAAUGCUUGCUUAGGUUGACAUUUUGUGCGUAGUAAUAGAGGUAUCAAUAUAGUCAAUUUAUCGUCUUUUAUUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUAAAUUUCUUUUCCU--| U AUA U AUGCUUGCU UUG CUGUA GUAUCUUU UUAUUACGUACAAA U AAC GAUAU UAUGGAGA AAUGAUGCGUGUUU A UAUUUAUUUUCUGCUAUUU^ U AAC U UACAGUUGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sme-Mir-210-P17_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0012152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCUUUUUUAUUACGUACAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sme-Mir-210-P17_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGUGCGUAGUAAUAGAGGUAUC -66
Get sequence
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