| MirGeneDB ID | Sha-Mir-7398-o13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7398 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-7398-o5 Sha-Mir-7398-o6 Sha-Mir-7398-o7 Sha-Mir-7398-o8 Sha-Mir-7398-o9 Sha-Mir-7398-o14 Sha-Mir-7398-P5e Sha-Mir-7398-P5f Sha-Mir-7398-P9d-v1 Sha-Mir-7398-P9e-v1 Sha-Mir-7398-P21 Sha-Mir-7398-P24c-v1 Sha-Mir-7398-P24d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-7398-P13 Neu-Mir-7398-o13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867608.1: 2103168-2103224 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7398-o13) |
Mir-7398-P5e
GL867608.1: 2079471-2079531 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7398-P5f GL867608.1: 2080041-2080101 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9d-v1 GL867608.1: 2081489-2081549 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9d-v2 GL867608.1: 2081490-2081548 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9e-v1 GL867608.1: 2082124-2082184 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9e-v2 GL867608.1: 2082125-2082183 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o5 GL867608.1: 2084664-2084724 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o6 GL867608.1: 2087632-2087690 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o7 GL867608.1: 2088260-2088322 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o8 GL867608.1: 2090858-2090916 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o9 GL867608.1: 2092125-2092182 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P21 GL867608.1: 2093388-2093443 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24c-v2 GL867608.1: 2099749-2099808 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24c-v1 GL867608.1: 2099749-2099808 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24d-v1 GL867608.1: 2102079-2102138 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24d-v2 GL867608.1: 2102079-2102138 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o13 GL867608.1: 2103168-2103224 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o14 GL867608.1: 2104962-2105021 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUGACCUUCCUCCUCCAGAUGCCCCACUGUUGAAAAGGGUGAGGGUACCGUGCACUAUCGGGUAACCCUCCCUUCUUUCACAGUGGAGCAGCUAGGACUCUUCUUCCAGACCCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUGACCUUCCUCCU- -| A C U - U - GUGCA CC AG UGC CCACUGU GAAA AGGG GAGGGU ACC \ GG UC ACG GGUGACA CUUU UUCC CUCCCA UGG C ACCCAGACCUUCUUCUCA A^ G A - C - A GCUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-7398-o13_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUGAAAAGGGUGAGGGUACC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-7398-o13_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAACCCUCCCUUCUUUCACAGU -57
Get sequence
|
