| MirGeneDB ID | Pma-Mir-217-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-217-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Ebu-Mir-217-P2-v1 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046097.1: 6160240-6160298 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-P2-v1) |
Mir-217-P2-v2
NC_046097.1: 6160239-6160299 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-P2-v1 NC_046097.1: 6160240-6160298 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a2 NC_046097.1: 6164884-6164943 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pma-Mir-217-P2-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGGAGGCCCUAGUACUGGUGUUGAAGAUACUGCAUUCGGAACUGAUUGGGUACUCUGAGCUCGCCAUCAGUUCCUGAUGCAAUGCCUCCAGCACCAUCCAUAACGGAGCGACACGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGGAGGCCCUAGUAC--| A A C C U GUACUC UGGUGUUG AG UA UGCAUU GGAACUGAU GG U ACCACGAC UC GU ACGUAG CCUUGACUA CC G CGCACAGCGAGGCAAUACCU^ C C A U - GCUCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-217-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUUCGGAACUGAUUGGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-217-P2-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUGAUGCAAUGCC -59
Get sequence
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| Variant | Pma-Mir-217-P2-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAGGAGGCCCUAGUACUGGUGUUGAAGAUACUGCAUUCGGAACUGAUUGGGUACUCUGAGCUCGCCAUCAGUUCCUGAUGCAAUGCCUCCAGCACCAUCCAUAACGGAGCGACACGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGAGGAGGCCCUAGUAC--| A A C C U GUACUC UGGUGUUG AG UA UGCAUU GGAACUGAU GG U ACCACGAC UC GU ACGUAG CCUUGACUA CC G CCGCACAGCGAGGCAAUACCU^ C C A U - GCUCGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-217-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUUCGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-217-P2-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUGAUGCAAUGCCU -61
Get sequence
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