| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-876-v1 Cfa-Mir-876-v1 Cja-Mir-876-v1 Cpo-Mir-876-v1 Dno-Mir-876-v1 Eca-Mir-876-v1 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v1 Laf-Mir-876-v1 Mml-Mir-876-v1 Mmr-Mir-876 Pab-Mir-876-v1 Rno-Mir-876-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr1: 24482714-24482772 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v1) |
Mir-873-v1
chr1: 24466640-24466698 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 chr1: 24466641-24466697 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v2 chr1: 24482712-24482774 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v1 chr1: 24482714-24482772 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-876-v1 |
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| Seed | GGUGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGCUUUACACAAACUGUGGAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGCUUUACACAAACU--| UG U AUCUAAG GUGGAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCAU \ CACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGUG C UAGUUGACGUCUUCGUGGA^ GU U GUGUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-876-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-876-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGUGGUUUACAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
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| Variant | Ocu-Mir-876-v2 |
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| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGAAGCUUUACACAAACUGUGGAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGAAGCUUUACACAAA--| UG U UAUCUAAG CUGUGGAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCA \ GACACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGU C UCUAGUUGACGUCUUCGUG^ GU U GGUGUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-876-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-876-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
|
