| MirGeneDB ID | Mml-Mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-876-v1 Cfa-Mir-876-v1 Cja-Mir-876-v1 Cpo-Mir-876-v1 Dno-Mir-876-v1 Eca-Mir-876-v1 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v1 Laf-Mir-876-v1 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v1 Pab-Mir-876-v1 Rno-Mir-876-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014350.1: 54900832-54900890 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v1) |
Mir-873-v1
CM014350.1: 54879499-54879557 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 CM014350.1: 54879500-54879556 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v2 CM014350.1: 54900830-54900892 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v1 CM014350.1: 54900832-54900890 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mml-Mir-876-v1 |
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| Seed | GGUGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGCUUUACACAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGCUUUACACAAACU--| UG U AUCUAAG GUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCAU \ CACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGUG C UAGUUGACGUCUUCGUGGA^ GU U GUGUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-876-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-876-5p |
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| Mature sequence | Mml-Mir-876-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGUGGUUUACAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-876-3p |
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| Variant | Mml-Mir-876-v2 |
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| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAGGCUUUACACAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAGGCUUUACACAAA--| UG U UAUCUAAG CUGUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCA \ GACACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGU C UCUAGUUGACGUCUUCGUG^ GU U GGUGUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-876-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-876-5p |
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| Star sequence | Mml-Mir-876-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0006520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-876-3p |
