| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-876-v1 Cfa-Mir-876-v1 Cja-Mir-876-v1 Dno-Mir-876-v1 Eca-Mir-876-v1 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v1 Laf-Mir-876-v1 Mml-Mir-876-v1 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v1 Pab-Mir-876-v1 Rno-Mir-876-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_2: 7371451-7371509 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v1) |
Mir-876-v2
scaffold_2: 7371449-7371511 [-]
UCSC
Mir-876-v1 scaffold_2: 7371451-7371509 [-] UCSC Mir-873-v1 scaffold_2: 7394199-7394257 [-] UCSC Mir-873-v2 scaffold_2: 7394200-7394256 [-] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-876-v1 |
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| Seed | GGUGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCUUUAUACAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUGAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAAUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGCUUUAUACAAACU--| UG U AUCUGAG GUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCAU \ CACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGUG C UAGUUAACGUCUUCGUGGA^ GU U GUGUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-876-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-876-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGUGGUUUACAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-876-v2 |
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| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAAGCUUUAUACAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUGAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAAUUGAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAAGCUUUAUACAAA--| UG U UAUCUGAG CUGUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCA \ GACACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGU C UCUAGUUAACGUCUUCGUG^ GU U GGUGUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-876-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-876-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
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