| MirGeneDB ID | Laf-Mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-876-v1 Cfa-Mir-876-v1 Cja-Mir-876-v1 Cpo-Mir-876-v1 Dno-Mir-876-v1 Eca-Mir-876-v1 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v1 Mml-Mir-876-v1 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v1 Pab-Mir-876-v1 Rno-Mir-876-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010033.1: 70593769-70593827 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v1) |
Mir-873
GL010033.1: 70558847-70558905 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-876-v2 GL010033.1: 70593767-70593829 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v1 GL010033.1: 70593769-70593827 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-876-v1 |
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| Seed | GGGGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCUUUAAACAAACUGUGAAAUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAACUAAUAUGGUGGGGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGCUUUAAACAAACU--| AU U A AUCUAAA GUGAA GCUGUGGAUU CUUUGUGAAUC CCAU \ CACUU UGAUACUUAA GAAACAUUUGG GGUG C UAGUUGACGUCUUCGUGGA^ CG U G GUAUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-876-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-876-v1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGGGGUUUACAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-876-v2 |
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| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAAGCUUUAAACAAACUGUGAAAUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAACUAAUAUGGUGGGGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAAGCUUUAAACAAA--| AU U A UAUCUAAA CUGUGAA GCUGUGGAUU CUUUGUGAAUC CCA \ GACACUU UGAUACUUAA GAAACAUUUGG GGU C UCUAGUUGACGUCUUCGUG^ CG U G GGUAUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-876-v2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-876-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GGGGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
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