| MirGeneDB ID | Laf-Mir-876 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-876 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-876-v1 Cfa-Mir-876-v1 Cja-Mir-876-v1 Cpo-Mir-876-v1 Dno-Mir-876-v1 Eca-Mir-876-v1 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v1 Mml-Mir-876-v1 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v1 Pab-Mir-876-v1 Rno-Mir-876-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010033.1: 70593769-70593827 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v1) |
Mir-873
GL010033.1: 70558847-70558905 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-876-v2 GL010033.1: 70593767-70593829 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v1 GL010033.1: 70593769-70593827 [+] UCSC Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Laf-Mir-876-v1 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGGGUU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCUUUAAACAAACUGUGAAAUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAACUAAUAUGGUGGGGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGCUUUAAACAAACU--| AU U A AUCUAAA GUGAA GCUGUGGAUU CUUUGUGAAUC CCAU \ CACUU UGAUACUUAA GAAACAUUUGG GGUG C UAGUUGACGUCUUCGUGGA^ CG U G GUAUAAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Laf-Mir-876-v1_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Laf-Mir-876-v1_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGGGGUUUACAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Laf-Mir-876-v2 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAUUUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAAGCUUUAAACAAACUGUGAAAUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAACUAAUAUGGUGGGGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUCUGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAAGCUUUAAACAAA--| AU U A UAUCUAAA CUGUGAA GCUGUGGAUU CUUUGUGAAUC CCA \ GACACUU UGAUACUUAA GAAACAUUUGG GGU C UCUAGUUGACGUCUUCGUG^ CG U G GGUAUAAU 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Laf-Mir-876-v2_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Laf-Mir-876-v2_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GGGGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
|
