| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-544 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-544 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUGGUA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-544 Cfa-Mir-544-P1 Cfa-Mir-544-P2 Ete-Mir-544 Hsa-Mir-544 Mml-Mir-544 Mmu-Mir-544 Rno-Mir-544 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 138609-138666 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-544) |
Mir-154-P7
chrUn0352: 121687-121745 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chrUn0352: 122887-122942 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chrUn0352: 123314-123368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chrUn0352: 123315-123367 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chrUn0352: 124893-124948 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chrUn0352: 125054-125109 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chrUn0352: 125054-125109 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chrUn0352: 125317-125376 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chrUn0352: 130083-130140 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chrUn0352: 132903-132959 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chrUn0352: 133217-133274 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chrUn0352: 133369-133421 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chrUn0352: 133511-133568 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chrUn0352: 133845-133902 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chrUn0352: 136582-136644 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chrUn0352: 137030-137087 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chrUn0352: 137513-137576 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 chrUn0352: 138028-138086 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chrUn0352: 139340-139398 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 chrUn0352: 141248-141305 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chrUn0352: 142718-142775 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chrUn0352: 143048-143107 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chrUn0352: 143743-143801 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chrUn0352: 147896-147953 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chrUn0352: 149011-149066 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chrUn0352: 149012-149065 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chrUn0352: 150228-150287 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chrUn0352: 152092-152157 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chrUn0352: 152953-153008 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chrUn0352: 153189-153244 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chrUn0352: 153728-153783 [+] UCSC Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGCGGCUCAGAUGGUCAUCACCAAGGCAUCUUGGUAGAAAGCAGAUUCUGAUUCCGGGACCAAGAUUCUGCAUUUUUAGCAAGUUCUUGAGUGCUGCCGCAGCAGCUGGUCUGUGCGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGCGGCUCAGAUGGU--- U -| CAU G - U GAUUCC CA CAC CAAGG CUUG UAGAAA GCAGA UCU \ GU GUG GUUCU GAAC AUUUUU CGUCU AGA G CGUGUCUGGUCGACGACGCC C A^ U-- G A U ACCAGG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-544_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUGGUAGAAAGCAGAUUCU -21
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-544_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUUCUGCAUUUUUAGCAAGUUC -58
Get sequence
|
