MirGeneDB ID | Ocu-Mir-154-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-487b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-154-P1 Ocu-Mir-154-P2-v1 Ocu-Mir-154-P2-v2 Ocu-Mir-154-P3a-v1 Ocu-Mir-154-P3a-v2 Ocu-Mir-154-P4-o1 Ocu-Mir-154-P5 Ocu-Mir-154-P6 Ocu-Mir-154-P7 Ocu-Mir-154-P9 Ocu-Mir-154-P10 Ocu-Mir-154-P12 Ocu-Mir-154-P13 Ocu-Mir-154-P15 Ocu-Mir-154-P16 Ocu-Mir-154-P19 Ocu-Mir-154-P20-v1 Ocu-Mir-154-P20-v2 Ocu-Mir-154-P21 Ocu-Mir-154-P22 Ocu-Mir-154-P23 Ocu-Mir-154-P24 Ocu-Mir-154-P25 Ocu-Mir-154-P26 Ocu-Mir-154-P27 Ocu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P17 Cfa-Mir-154-P17 Cpo-Mir-154-P17 Dno-Mir-154-P17 Ete-Mir-154-P17 Hsa-Mir-154-P17 Mml-Mir-154-P17 Mmu-Mir-154-P17 Rno-Mir-154-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 137030-137087 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P17) |
Mir-154-P7
chrUn0352: 121687-121745 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chrUn0352: 122887-122942 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chrUn0352: 123314-123368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chrUn0352: 123315-123367 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chrUn0352: 124893-124948 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chrUn0352: 125054-125109 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chrUn0352: 125054-125109 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chrUn0352: 125317-125376 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chrUn0352: 130083-130140 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chrUn0352: 132903-132959 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chrUn0352: 133217-133274 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chrUn0352: 133369-133421 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chrUn0352: 133511-133568 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chrUn0352: 133845-133902 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chrUn0352: 136582-136644 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chrUn0352: 137030-137087 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chrUn0352: 137513-137576 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 chrUn0352: 138028-138086 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chrUn0352: 139340-139398 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 chrUn0352: 141248-141305 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chrUn0352: 142718-142775 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chrUn0352: 143048-143107 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chrUn0352: 143743-143801 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chrUn0352: 147896-147953 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chrUn0352: 149011-149066 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chrUn0352: 149012-149065 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chrUn0352: 150228-150287 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chrUn0352: 152092-152157 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chrUn0352: 152953-153008 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chrUn0352: 153189-153244 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chrUn0352: 153728-153783 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUGCGUGCUAACCUUUGGUACUUGGGGAGUGGUUAUCCCUGUCCUGUUCGUUUUAUUCAUGUCGAAUCGUACAGGGUCAUCCACUUUUUCAGUAUCAAGAGCGCAGAUUCUGGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUUGCGUGCUAACCUU--| UG UUAU CCU UUUUA UGGUACU GGGAGUGG CCCUGU GUUCG U ACUAUGA UUUUCACC GGGACA UAAGC U CGAGGUCUUAGACGCGAGA^ CU UACU UGC UGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-154-P17_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0048473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGUUAUCCCUGUCCUGUUCG -22
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-154-P17_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAUCGUACAGGGUCAUCCACUU -58
Get sequence
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