| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-154-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-154-P1 Ocu-Mir-154-P2-v1 Ocu-Mir-154-P3-v1 Ocu-Mir-154-P5 Ocu-Mir-154-P6a-v1 Ocu-Mir-154-P7 Ocu-Mir-154-P8-o1 Ocu-Mir-154-P11 Ocu-Mir-154-P12 Ocu-Mir-154-P14 Ocu-Mir-154-P17 Ocu-Mir-154-P18 Ocu-Mir-154-P19 Ocu-Mir-154-P20 Ocu-Mir-154-P21 Ocu-Mir-154-P23 Ocu-Mir-154-P24 Ocu-Mir-154-P25 Ocu-Mir-154-P26 Ocu-Mir-154-P28-v1 Ocu-Mir-154-P29 Ocu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P32 Ocu-Mir-154-P33 Ocu-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P3-v1 Cfa-Mir-154-P3-v1 Cja-Mir-154-P3 Cpo-Mir-154-P3-v1 Dno-Mir-154-P3-v1 Eca-Mir-154-P3-v1 Ete-Mir-154-P3-v1 Hsa-Mir-154-P3-v1 Laf-Mir-154-P3 Mml-Mir-154-P3-v1 Mmr-Mir-154-P3-v1 Mmu-Mir-154-P3-v1 Pab-Mir-154-P3-v1 Rno-Mir-154-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 123315-123367 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P3-v2) |
Mir-154-P1
chrUn0352: 121687-121745 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 chrUn0352: 122886-122943 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chrUn0352: 122887-122942 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 chrUn0352: 123314-123368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 chrUn0352: 123315-123367 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chrUn0352: 124893-124948 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 chrUn0352: 125054-125109 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 chrUn0352: 125054-125109 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 chrUn0352: 125317-125376 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8-o1 chrUn0352: 126028-126087 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chrUn0352: 130083-130140 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chrUn0352: 132903-132959 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chrUn0352: 133217-133274 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chrUn0352: 133369-133421 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chrUn0352: 133511-133568 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 chrUn0352: 133845-133902 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chrUn0352: 136582-136644 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chrUn0352: 137030-137087 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chrUn0352: 137513-137576 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 chrUn0352: 138028-138086 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chrUn0352: 138609-138665 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chrUn0352: 139340-139398 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chrUn0352: 141248-141305 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chrUn0352: 142718-142775 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chrUn0352: 143048-143107 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chrUn0352: 143743-143801 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chrUn0352: 147896-147953 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v2 chrUn0352: 149011-149066 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v1 chrUn0352: 149012-149065 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 chrUn0352: 150228-150287 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chrUn0352: 152092-152157 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chrUn0352: 152734-152787 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 chrUn0352: 152953-153008 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 chrUn0352: 153189-153244 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 chrUn0352: 153728-153783 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-154-P3-v2 |
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| Seed | UAUGUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCGCUGCCACGGUGCGGUACUUGAAGGAAUGGUUUACCGUCCCACAUACAUUUUGAGUAUGUAUGUGGGACGGUAAACCGCUUCUUGGUAUCCAGCCCAGCCAUCCGAAGCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
GUCGCUGCCACGGUGCG----| UG A UUU
GUACU AAGGA UGGUUUACCGUCCCACAUACAU \
UAUGG UUCUU GCCAAAUGGCAGGGUGUAUGUA G
GCGAAGCCUACCGACCCGACC^ -- C UGA
110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Star sequence | Ocu-Mir-154-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUUACCGUCCCACAUACAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-154-P3-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
31- GUAUGUGGGACGGUAAACCGCU -53
Get sequence
|
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| Variant | Ocu-Mir-154-P3-v1 |
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| Seed | AUGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCGCUGCCACGGUGCGGUACUUGAAGGAAUGGUUUACCGUCCCACAUACAUUUUGAGUAUGUAUGUGGGACGGUAAACCGCUUCUUGGUAUCCAGCCCAGCCAUCCGAAGCGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGUCGCUGCCACGGUGC----| UG A UUUU GGUACU AAGGA UGGUUUACCGUCCCACAUACA \ CUAUGG UUCUU GCCAAAUGGCAGGGUGUAUGU G UGCGAAGCCUACCGACCCGAC^ -- C AUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-154-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGGUUUACCGUCCCACAUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-154-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UAUGUGGGACGGUAAACCGCUU -55
Get sequence
|
