| MirGeneDB ID | Mgi-Mir-2-o56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pacific oyster (Magallana gigas) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mgi-Mir-2-o57 Mgi-Mir-2-o58a Mgi-Mir-2-o58b Mgi-Mir-2-o59 Mgi-Mir-2-o60 Mgi-Mir-2-o61 Mgi-Mir-2-o62 Mgi-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. gigas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CGI_GCA_000297895.1) |
scaffold602: 445001-445057 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o56) |
Mir-71
scaffold602: 444840-444896 [+]
Ensembl
Mir-2-o56 scaffold602: 445001-445057 [+] Ensembl Mir-2-P12 scaffold602: 445140-445196 [+] Ensembl Mir-2-o57 scaffold602: 445414-445474 [+] Ensembl Mir-2-o58b scaffold602: 445724-445782 [+] Ensembl Mir-2-o59 scaffold602: 445843-445901 [+] Ensembl Mir-2-o60 scaffold602: 446019-446076 [+] Ensembl Mir-2-o61 scaffold602: 446534-446592 [+] Ensembl |
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| Seed | GGUCAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUUUUGAUGGUAAAGCAGAUGAUGAGGCGGUCAAUGUGGGAUGUCGUAGUGCUAUUGUAUUAUCACAGCCAGCAUUGAUGAGCCAGGUCAGAUGCAAACUGCUUGACGGUAUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAGUUUUUGAUGGUAAA-- GA GA G-| G A C GUGCU GCA UGAU GGC GUCAAUGU GG UGU GUA A CGU ACUG CCG UAGUUACG CC ACA UAU U CAUAUGGCAGUUCGUCAAA AG GA AG^ A G C UAUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mgi-Mir-2-o56_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUCAAUGUGGGAUGUCGUA -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Mgi-Mir-2-o56_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCACAGCCAGCAUUGAUGAGCC -57
Get sequence
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