| MirGeneDB ID | Mal-Mir-205-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-205-P4a Mal-Mir-205-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-205-P1 Lch-Mir-205-P1 Loc-Mir-205-P1 Pma-Mir-205-o1 Sto-Mir-205-P1 Xla-Mir-205-P1a Xla-Mir-205-P1b Xtr-Mir-205-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884777.1: 533270-533328 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-205-P1-v1) |
Mir-205-P1-v1
KV884777.1: 533270-533328 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-205-P1-v2 KV884777.1: 533271-533327 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-205-P1-v1 |
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| Seed | UCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCUUUUUGGUGAGUGGCAGGUCUCCCUGUUCUUCAUUCCACCGGAUUCUGUUUCCCAUGCAGUAGAUUCCCAGUGGGAUGAAGUGCAGAGGGGCUGGGAGAAAGCUUCAUGGCAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGCUUUUUGGUGAGUGGCA-- C U C-| U GUUUCC GGUCUC CUGU CUUCAUUCCAC GGA UCU C UCGGGG GACG GAAGUAGGGUG CCU AGA A AAAACGGUACUUCGAAAGAGGG A U AC^ U UGACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-205-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUUCAUUCCACCGGAUUCU -21
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-205-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUUCCCAGUGGGAUGAAGUGCA -59
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-205-P1-v2 |
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| Seed | CUUCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUUUUUGGUGAGUGGCAGGUCUCCCUGUUCUUCAUUCCACCGGAUUCUGUUUCCCAUGCAGUAGAUUCCCAGUGGGAUGAAGUGCAGAGGGGCUGGGAGAAAGCUUCAUGGCAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUUUUUGGUGAGUGGCA-- C U C-| U UUUCC GGUCUC CUGU CUUCAUUCCAC GGA UCUG C UCGGGG GACG GAAGUAGGGUG CCU AGAU A AAACGGUACUUCGAAAGAGGG A U AC^ U GACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-205-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUCAUUCCACCGGAUUCUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-205-P1-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AGAUUCCCAGUGGGAUGAAGUGC -57
Get sequence
|
