| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-193-P2r | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-193-P1r Lpo-Mir-193-P1s Lpo-Mir-193-P1t Lpo-Mir-193-P2n Lpo-Mir-193-P2o | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-193-P2 Cbr-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v1 Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Ebu-Mir-193-P2 Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Mgi-Mir-193-P2 Pau-Mir-193-P2 Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rph-Mir-193-P2 Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Tca-Mir-193-P2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665895.1: 74428-74489 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2r) |
Mir-193-P2r
NW_013665895.1: 74428-74489 [-]
Ensembl
Mir-193-P1r NW_013665895.1: 82429-82493 [-] Ensembl |
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| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAAACGAUACCGAGAAGCUGUGGUAAGCUUGGGGUUUCUAACCGGCAUUCACCAUGAUCUGAAUAUAUGCAAUGCCCUUGGAAAUCCCAAAUAUACUCAGCAAAUUACAUCAUUCCUGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAAACGAUACCGAGAA---| U AGC CC - CCAUGAU GCUG GGUA UUGGGGUUUCUAA GGCAUU CA C CGAC UCAU AACCCUAAAGGUU CCGUAA GU U GAAGUCCUUACUACAUUAAA^ - AUA C- C AUAUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lpo-Mir-193-P2r_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGGUUUCUAACCGGCAUUCAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Lpo-Mir-193-P2r_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAUGCCCUUGGAAAUCCCAAA -62
Get sequence
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