| MirGeneDB ID | Loc-Mir-126-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Ami-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Dre-Mir-126-P2a-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Gmo-Mir-126-P2b-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Mal-Mir-126-P2b-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mmu-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Tni-Mir-126-P2b-v1 Xla-Mir-126-P2c Xla-Mir-126-P2d Xtr-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG21: 5364141-5364200 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2-v2) |
Mir-126-P2-v1
LG21: 5364141-5364200 [+]
Ensembl
Mir-126-P2-v2 LG21: 5364141-5364200 [+] Ensembl Mir-126-P2-v3 LG21: 5364141-5364200 [+] Ensembl Novel-4 LG21: 5365345-5365401 [+] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-126-P2-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGACAUGAGCAGUGCUGGUUGCACAGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGUGGCCAGCAAAGCCUGCGAGGGAGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGACAUGAGCAGUGC----| UG C U CGCUAUGCC UGGU CACAGU CAUUAUUACUU UGGUACG A ACCG GUGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC C CCAGAGGGAGCGUCCGAAACG^ -- C U UCAAACUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-126-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-126-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -60
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-126-P2-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGACAUGAGCAGUGCUGGUUGCACAGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGUGGCCAGCAAAGCCUGCGAGGGAGACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGACAUGAGCAGUGC----| UG C U CGCUAUGCC UGGU CACAGU CAUUAUUACUU UGGUACG A ACCG GUGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC C CCAGAGGGAGCGUCCGAAACG^ -- C U UCAAACUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-126-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-126-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -60
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-126-P2-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGACAUGAGCAGUGCUGGUUGCACAGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGUGGCCAGCAAAGCCUGCGAGGGAGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGACAUGAGCAGUGC----| UG C U CGCUAUGCC UGGU CACAGU CAUUAUUACUU UGGUACG A ACCG GUGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC C CCAGAGGGAGCGUCCGAAACG^ -- C U UCAAACUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-126-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-126-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -60
Get sequence
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