| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-126-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-126a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Ami-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Dre-Mir-126-P2a-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Gmo-Mir-126-P2b-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Loc-Mir-126-P2-v1 Mal-Mir-126-P2b-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Tni-Mir-126-P2b-v1 Xla-Mir-126-P2c Xla-Mir-126-P2d Xtr-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr2: 26591365-26591423 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2-v1) |
Mir-126-P2-v1
chr2: 26591365-26591423 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-126-P2-v2 chr2: 26591365-26591423 [+] UCSC Ensembl Mir-126-P2-v3 chr2: 26591365-26591423 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-126-P2-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGACGCCGCAUCUUUGCCGGUGACAGCACAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGACACUUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCGGUCAGCAGCCCAGCGCCAGGAAUGCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGACGCCGCAUCUUU--| CGG A A U CGCUGUGAC GC UGAC GC CAUUAUUACUU UGGUACG \ CG ACUG CG GUAAUAAUGAG GCCAUGC A CUACGUAAGGACCGCGACC^ ACG G C U UCAAACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-126-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000137 TargetScanVert: mmu-miR-126a-5p miRDB: MIMAT0000137 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-126-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000138 TargetScanVert: mmu-miR-126a-3p.1 miRDB: MIMAT0000138 |
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| Variant | Mmu-Mir-126-P2-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGACGCCGCAUCUUUGCCGGUGACAGCACAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGACACUUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCGGUCAGCAGCCCAGCGCCAGGAAUGCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGACGCCGCAUCUUU--| CGG A A U CGCUGUGAC GC UGAC GC CAUUAUUACUU UGGUACG \ CG ACUG CG GUAAUAAUGAG GCCAUGC A CUACGUAAGGACCGCGACC^ ACG G C U UCAAACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-126-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000137 TargetScanVert: mmu-miR-126a-5p miRDB: MIMAT0000137 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-126-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000138 TargetScanVert: mmu-miR-126a-3p.1 miRDB: MIMAT0000138 |
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| Variant | Mmu-Mir-126-P2-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGACGCCGCAUCUUUGCCGGUGACAGCACAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGACACUUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCGGUCAGCAGCCCAGCGCCAGGAAUGCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGACGCCGCAUCUUU--| CGG A A U CGCUGUGAC GC UGAC GC CAUUAUUACUU UGGUACG \ CG ACUG CG GUAAUAAUGAG GCCAUGC A CUACGUAAGGACCGCGACC^ ACG G C U UCAAACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-126-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000137 TargetScanVert: mmu-miR-126a-5p miRDB: MIMAT0000137 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-126-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000138 TargetScanVert: mmu-miR-126a-3p.1 miRDB: MIMAT0000138 |
