| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-126-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Ami-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Dre-Mir-126-P2a-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Gmo-Mir-126-P2b-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Loc-Mir-126-P2-v1 Mal-Mir-126-P2b-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mmu-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Tni-Mir-126-P2b-v1 Xla-Mir-126-P2c Xla-Mir-126-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chrUn_NW_016683465v1: 92204-92262 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2-v1) |
Mir-126-P2-v1
chrUn_NW_016683465v1: 92204-92262 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-126-P2-v2 chrUn_NW_016683465v1: 92204-92262 [+] UCSC Ensembl Mir-126-P2-v3 chrUn_NW_016683465v1: 92204-92262 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-126-P2-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACCGCCGCGCAGAAGGUUGGUGGCUGUGCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGUCACAUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCAGCUGCCAAUAAUGCCGACAAGGAUGCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGACCGCCGCGCAGAAG--| UG U CGCUGUGUC GUUGG GCUGUGCAUUAUUACUU UGGUACG \ UAACC CGACGCGUAAUAAUGAG GCCAUGC A CUCGUAGGAACAGCCGUAA^ GU U UCAAACUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-126-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-126-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-126-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-126-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-126-P2-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACCGCCGCGCAGAAGGUUGGUGGCUGUGCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGUCACAUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCAGCUGCCAAUAAUGCCGACAAGGAUGCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGACCGCCGCGCAGAAG--| UG U CGCUGUGUC GUUGG GCUGUGCAUUAUUACUU UGGUACG \ UAACC CGACGCGUAAUAAUGAG GCCAUGC A CUCGUAGGAACAGCCGUAA^ GU U UCAAACUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-126-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-126-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-126-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-126-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-126-P2-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACCGCCGCGCAGAAGGUUGGUGGCUGUGCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGUCACAUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCAGCUGCCAAUAAUGCCGACAAGGAUGCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGACCGCCGCGCAGAAG--| UG U CGCUGUGUC GUUGG GCUGUGCAUUAUUACUU UGGUACG \ UAACC CGACGCGUAAUAAUGAG GCCAUGC A CUCGUAGGAACAGCCGUAA^ GU U UCAAACUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-126-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-126-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-126-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-126-3p |
