| MirGeneDB ID | Laf-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-582-v1 Cfa-Mir-582-v1 Cja-Mir-582 Cpo-Mir-582-v1 Dno-Mir-582-v1 Eca-Mir-582 Hsa-Mir-582-v1 Mml-Mir-582-v1 Mmr-Mir-582-v1 Mmu-Mir-582-v1 Ocu-Mir-582 Pab-Mir-582-v1 Rno-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010034.1: 62433064-62433122 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v1) |
Mir-582-v1
GL010034.1: 62433064-62433122 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-582-v2 GL010034.1: 62433065-62433121 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-582-v1 |
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| Seed | UACAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCUCAGCUCAUCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAGCUAAUUGUAACCAGUCGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAGGUAGAAACCUUUCAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACCUCAGCUCAUCAAUC-| UUA A CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUC AC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAG UG CAAUG G GUUACUUUCCAAAGAUGGA^ CAA C AC UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-582-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-582-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACCAGUCGAACAACUGAACC -59
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-582-v2 |
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| Seed | ACAGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCAGCUCAUCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAGCUAAUUGUAACCAGUCGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAGGUAGAAACCUUUCAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCAGCUCAUCAAUC-| UUA A CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUC AC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAG UG CAAUG G UUACUUUCCAAAGAUGGA^ CAA C AC UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-582-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-582-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACCAGUCGAACAACUGAAC -57
Get sequence
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